Las micotoxinas comprometen la integridad intestinal al deteriorar la morfometría del epitelio, la parte más interna de la mucosa, vital para la función de barrera intestinal. Es bien conocido que el estrés oxidativo y el daño en el ADN inducido por las micotoxinas, como por ejemplo el DON, provocan la apoptosis. En este escenario se observa una reducción de las vellosidades y de la profundidad de las criptas que puede comprometer la absorción de nutrientes, posible fuente de energía para los enteropatógenos. Además, las micotoxinas pueden causar cambios en la composición de la mucina que pueden promover la presencia de endotoxinas en la luz intestinal. Asimismo, las micotoxinas alteran la expresión de uniones estrechas y factores pro-inflamatorios, lo que provoca un aumento de la permeabilidad intestinal, facilitando el paso de endotoxinas presentes en el intestino al torrente sanguíneo y la propagación a órganos internos (Ren et al., 2019). Recientemente, se ha demostrado que la co-exposición de micotoxinas y endotoxinas potencia el efecto negativo en la permeabilidad intestinal. En efecto, Ruhnau et al. (2020) observaron una mayor translocación de endotoxinas provenientes de E. coli al hígado y al bazo en pollos expuestos simultáneamente al DON y a la bacteria.

Por otro lado, la exposición a micotoxinas puede proporcionar una condición favorable para el crecimiento de algunas enterobacterias como el Campylobacter y alterar lahomeostasis de la microbiota intestinal promoviendo la liberación de endotoxinas.